恐怖組織頭目泰格(張笑君 飾)等劫持周教授、舒南希(李悅銘 飾)，穆野任特別行動組G12組長，營救行動中周教授死亡，他們帶舒南希穿越叢林返回。泰格再次劫持舒南希不成，抓走吳桐。穆野拿密鑰換回吳桐，卻被泰格抓到鱷魚基地接受藥物FUT實驗。鱷魚想用藥物控制穆野進行恐怖活動，穆野以堅強的毅力破壞了鱷魚行動。G12營救穆野，擊斃鱷魚，搗毀工廠，為此隊員嚴立森和小葵犧牲。泰格挾持唐中強教授為人質以換回其成員美雅(王笛 飾)，G12予以保護和解救唐教授，恐怖分子劉國正(申軍誼 飾)從唐教授處得知父親死亡真相，以炸彈威脅G12。G12擊斃泰格，逮捕劉國濱。陳志平(孫晨耀 飾)犧牲。現實中，張皓克服困難研發《G12特別行動組》的訓練軟件獲得成功，與父親和解，與設計師蕭蕭相愛，完成了哥哥的遺愿。